Berikutan pengunduran tentera Gabungan, orang Islam mengepung penempatan Bani Quraizah yang terletak di selatan Madinah. Mereka melakukan demikian kerana pembelotan Quraizah. Bani Quraizah menyerah kalah selepas pengepungan selama 25 hari dan kubu kuat serta harta mereka dirampas oleh Muslim.[25] Semasa dibawa untuk pengadilan, Quraizah memohon agar diadili oleh Bani Aws, sekutu lama mereka. Nabi Muhammad melantik ketua Aws, Sa'd bin Mu'az, sebagai hakim. Sa'd, yang tercedera semasa pertempuran, menghakimi Quraizah mengikut lunas-lunas agama yang mereka anuti, yakni mengikut undang-undang Taurat. Hasil daripada itu, hukuman yang dijatuhkan terhadap Quraizah ialah hukuman bunuh bagi orang lelaki sementara kaum wanita dan kanak-kanak Quraizah diambil sebagai hamba abdi. Nabi Muhammad mempersetujui keputusan ini dan hukuman dijalankan pada keesokan harinya.[25]

Orang lelaki – antara 400 ke 900[26] orang kesemuanya – diikat dan diletakkan di bawah jagaan Muhammad bin Maslamah, sementara wanita dan kanak-kanak diletakkan di bawah jagaan Abdullah bin Salam, bekas rabai yang memeluk Islam.[5][27]

Ibn Ishaq memerikan hukuman bunuh yang dilaksanakan terhadap Bani Quraizah seperti berikut:

Kemudian mereka menyerah diri dan Rasulullah menahan mereka di kawasan rumah al-Harith, seorang wanita Bani al-Najjar. Kemudian Rasulullah pergi ke pekan dan menggali parit di sana. Rasulullah kemudiannya memanggil mereka, dan apabila mereka dibawa dalam kelompok-kelompok, dipenggal kepala mereka di dalam parit. Di kalangan musuh Allah ialah Huyayy bin Akhtab dan Ka'b bin Asad ketua mereka. Bilangan mereka 600 atau 700 orang kesemuanya, walaupun ada yang meletakkan bilangan setinggi 800 atau 900. Semasa mereka dibawa keluar dalam kelompok kepada Rasulullah, mereka bertanya Ka'b apa yang akan dilakukan orang Islam terhadap mereka. Dia menjawab, "Tidakkah anda faham? Tidakkah anda lihat yang si pemanggil tidak henti dan yang dipanggil itu tidak pulang? Wallah, ia adalah kematian!" Ini berlarutan sehinggalah dihentikan oleh Rasulullah. Huyayy dibawa keluar dengan tangannya diikat pada lehernya dengan seutas tali, memakai jubah bercorak bunga; jubahnya telah ditebuk agar berlubang sebesar hujung jari agar ia tidak dirampas sebagai jarah. Apabila dia melihat Rasulullah dia berkata, "Demi Tuhan, aku tidak menyalahkan diriku kerana menentangmu, tetapi dia yang melupakan Tuhan akan dilupakan Tuhan." Kemudian dia pergi bertemu orang lelaki Quraizah dan berkata, "Benar perintah Tuhan. Sebuah kitab, dan sebuah perintah, dan pembunuhan beramai-ramai telah ditulis terhadap Bani Israel". Kemudian diapun duduk dan kepalanya dipenggal.[26][28][29]

Beberapa laporan menyatakan pertanda (orang yg melaksanakan hukuman bunuh)[nota 1] terdiri daripada para Sahabat Nabi, dan setiap suku kaum Aws juga ditugaskan bagi pelaksanaan hukuman.[30]

Hukuman selain lelaki Quraizah

Ibn Asakir menulis dalam kitabnya Sejarah Damsyik bahawa Bani Kilab, suku kaum klien Arab Bani Quraizah, juga dibunuh bersama-sama kaum Yahudi itu.[31]

Juga dilaporkan bahawa seorang wanita yang telah membaling batu giling dari kubu Quraizah dan membunuh seorang pejuang Islam semasa pengepungan juga menjalani hukuman bunuh dan kepalanya dipenggal bersama-sama lelaki Quraizah.[32]

Jarah

Jarah pertempuran, termasuk wanita dan kanak-kanak kaum Quraizah yang diambil sebagai hamba, dibahagi-bahagikan dalam kalangan pejuang Islam yang mengambil bahagian dalam pengepungan tersebut, dan juga dibahagi-bahagikan dalam kalangan Muhajirin.[33]

Nabi Muhammad mengambil satu perlima jarah bagi diri baginda, seperti lazim dilakukan Muslim. Sebagai sebahagian jarah, Nabi Muhammad memilih seorang daripada wanita Quraizah, Raihanah binti Zaid.[33] Mengikut beberapa laporan, Nabi Muhammad menawar untuk berkahwin dan membebaskannya dan Raihanah menerima tawaran Nabi Muhammad. Ada laporan yang menyatakan Raihanah menolak tawaran Nabi Muhammad dan kekal menjadi hamba.[34] Laporan lain pula mengatakan Raihanah kemudiannya memeluk Islam.[19]

Beberapa sarjana menyatakan bahawa Nabi Muhammad telahpun menetapkan hukuman sebelum Quraizah menyerah diri, dan Sa'd meletakkan kesetiaannya kepada Islam lebih tinggi daripada kesetiaannya kepada sukunya.[1] Mereka menyatakan satu alasan bagi hukuman tersebut adalah pengampunan yang diberikan Nabi Muhammad kepada musuh-musuh yang ditewaskan terdahulu bercanggah dengan lunas-lunas budaya Arab dan Yahudi pada masa itu dan pengampunan itu menggambarkan kelemahan. Sarjana lain pula menyatakan bahawa hukuman yang dikenakan terhadap Bani Quraizah merupakan tindak balas bagi pengkhianatan Quraizah yang telah membuat persetujuan pertahanan dengan orang Islam Madinah tetapi sebaliknya memberi pertolongan dan sokongan kepada musuh orang Muslim.[5]